Używa dosadnego języka. Nad sentyment stawia humor zmieszany z sarkazmem. Przenikliwie inteligentny. Erudyta. Obdarzony łaską głębokiej wiary. Drogę do kapłaństwa miał długą i pełną zakrętów. Jako nastolatek używał życia do woli. Kiedyś, na potężnym kacu, poszedł wyspowiadać się do mądrego księdza. Ten mu powiedział, by zastanowił się nad swoim powołaniem.
Do Jezuitów go nie przyjęli. Powód - minus piętnaście dioptrii w jednym oku. Po znajomości wylądował w seminarium diecezjalnym. To moment, kiedy zaczyna się pasmo upokorzeń. “Idzie profesor i krzyczy: "Przeczytaj mi to na głos, bo ja w ogóle nie wiem, czy ty widzisz!". Miałem ksywę "Skaner", bo gdy czytam bez okularów, przykładam tekst pod same oczy - wyglada to, jakbym wachął kartki. Miałem kiedyś dyżur w furcie, leżę na biurku i czytam. Wchodzi arcybiskup Gocłowski i mówi: "Janie, śpisz?". "Nie, czytam". Potem jak wracał, to mnie klepnął i powiedział: "Przepraszam, że tak się zachowałem, ale boimy się, jak ty będziesz przy ołtarzu czytał. [..]Potem były święcenia na księdza. I znowu: "święcić czy nie święcić, widzi czy nie widzi, da radę czy nie?". Wreszcie rada profesorska podjęła decyzję. Ci inteligentni - co mi pochlebiało - podobno byli za mną, ci mniej inteligentni przeciwko. Ktoś na szczęście rozładował atmosferę: "A pieniądze widzi? Widzi! To święcić!".
Do szpitala jako kapelan. Przychodził na reanimacje, do najcięższych przypadków. Wtedy też zaczęto likwidować część oddziału wewnętrznego szpitala w Pucku. Miał świadomość, że pacjenci będą cierpieć w domach. Skrzyknął lekarzy i pielęgniarki - założył hospicjum domowe. Wystartowało 6. grudnia 2004 roku. Wkrótce powstało hospicjum stacjonarne.
W ciągu 24 miesięcy wykryto u niego dwa nowotwory. Najpierw nerki - ten udało się wyleczyć. Potem glejak 4. stopnia, wyjątkowe paskudztwo. Według medycyny powinien już nie żyć. A on, w wieku lat 38, po kilku chemiach i operacjach, czuje dopiero, że żyje. Jako bioetyk, teolog moralny oraz śmiertelnie chory wypowiada się na temat testamentu życia – formy deklaracji terminalnie chorego jak chce i czy w ogóle chce być leczony na ostatnim etapie chorowania. „Ponieważ widziałem wielokrotnie ludzi umierających na glejaka, nie chcę przedziwnych terapii typu wcieranie cieciorki w rozciętą nogę czy picie własnego moczu. Nie pozwoliłbym mojemu bratu sprzedać mieszkania tylko po to, aby wywiózł mnie do Chin na jakieś niebotycznie drogie leczenie, które mogłoby wydłużyć mi życie o miesiąc czy dwa. Do Chin, owszem, pojechałbym, ale wyłącznie turystycznie.[...] I nie chciałbym natarczywej terapii, która uczyniłaby mnie grubym od sterydów misiem, nie zawsze kontrolującym własne zachowanie.”
Gdy zaczął chorować, bał się śmierci, jak każdy. W szpitalu, pod prysznicem, zadręczał się myślami. W pewnym momencie wybuchnął irracjonalnym śmiechem, powiedział do siebie: "Kaczkowski, nie bój się, tego się nie da spieprzyć, nie da się umrzeć na pół albo umrzeć troszeczkę. To ci się na pewno uda".
Nic na razie ksiądz Kaczkowski nie spieprzył. Przeciwnie daje nam – chorym i zdrowym – wielką lekcję. Na temat tego, że śmierć jest częścią życia. Że choroba nie wybiera, ale można z nią żyć. Sensownie, z godnością, zdarza się, że z autentyczną radością. Zdumiewające, możliwe, piękne.
Cytaty pochodzą z wywiadów z księdzem Janem Kaczkowskim przeprowadzonych przez dziennikarzy Tygodnika Powszechnego Przemysława Wilczyńskego i Katarzynę Kubisiowską – „Sklepany przez Kosciół, kocham Kosciół” (Tygodnik Powszechny, 20.11.2012) oraz „Pacjent jest dowódcą” (Tygodnik Powszechny, 11.08.2013).
